O programa Futuras Cientistas conta com diversas parcerias com universidades em todo o Brasil.
REGIÃO NORTE
Universidade Federal do Amazonas
Universidade do Estado do Amazonas
Universidade do Estado do Amapá
Universidade Federal de Rondônia
Universidade Federal de Roraima
Universidade Federal do Tocantins
REGIÃO NORDESTE
Universidade Federal de Alagoas
Universidade Federal do Oeste da Bahia – Centro das Ciências Biológicas e da Saúde
Universidade Estadual de Santa Cruz
Universidade da Integração Internacional da Lusofonia Afro-Brasileira – UNILAB
Universidade Federal do Maranhão
Instituto Nacional do Semiárido
Universidade Federal da Paraíba
Universidade Federal de Campina Grande
Universidade Federal Rural de Pernambuco
Universidade Federal de Sergipe
REGIÃO CENTRO-OESTE
Universidade Federal de Mato Grosso do Sul
Universidade do Estado de Mato Grosso
REGIÃO SUDESTE
Universidade Federal de Itajubá
Universidade Federal de Uberlândia
Universidade Federal de São João del Rei
Universidade Federal de Rio de Janeiro
Universidade Federal Fluminense
REGIÃO SUL
Universidade Federal do Paraná
Universidade Federal de Pelotas
Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Universidade Federal da Fronteira Sul